Le conseil d’administration
de 24 membres, est composé de trois collèges : un collège des représentants des institutions nationales de tutelle ou concernées par les activités et missions du CNPR, un collège des représentants des partenaires nationaux et des usagers, un collège des représentants des personnels du CNPR et de l’enseignement agricole.

 Une organisation interne
en quatre services, qui assurent transversalement les trois grandes fonctions du CNPR : l’ingénierie des dispositifs et l’édition des ressources, la réalisation des dispositifs et l’appui aux partenaires, la maintenance des dispositifs et des ressources.